Nel 1505 Giulio II con Bolla del 5 giugno di quell'anno eresse la chiesa a Collegiata insigne, con Capitolo presieduto da un Prevosto Curato e quattro dignità , otto Canonici e quattro Eddomadari.
La Collegiata di Maiori fu poi confermata da Leone X nel 1514, riconosciuta da Paolo V nel 1647, ed ampliata di privilegi da Innocenzo XII nel 1695.
Il 3 agosto del 1769 venne solennizzata l'incoronazione della statua di Santa Maria a Mare che l'anno prima era stata fregiata di due corone d'oro, una per la Vergine e l'altra per il Bambino. Le corone furono sottratte nel 1802 a causa di un furto sacrilego e quelle che attualmente ornano la statua furono fatte forgiare in Roma a spese della popolazione, per cui nel 1804 vi fu una seconda solenne incoronazione presieduta dal Vescovo di Salerno Mons. Spinelli.
Molte vestigia di valore storico-artistico ornavano la Basilica, come ci garantisce il Cerasuoli, ma la stoltezza e l'incuria di alcuni mandatari fecero sì che molte di esse andassero completamente perdute: pitture, sculture, paramenti, suppellettili, un turibolo di struttura gotica, il pastorale ed il trono pontificale del prevosto (che aveva diritto alle insegne vescovili).
La chiesa nel corso dei secoli ha subìto trasformazioni e ampliamenti. Nel 1529, nel 1748 e, in ultimo, la più radicale e imponente nel 1836 su disegno dell'architetto napoletano Pietro Valente, autore anche di una proposta di un piano di assetto urbanistico della città che tenesse conto delle antiche vestigia, quali ad esempio quelle degli arsenali della Repubblica Amalfitana.
