La chiesa di S. Francesco fu costruita insieme al convento francescano nel 1405 … << lontano dalle abitazioni, nella falda del monte occidentale di Maiori detto Torre, e vicino al mare, l’Università di Maiori, costruì il convento di San Francesco con sette celle dalla parte di oriente e tre da occidente, con refettorio, cucina piccola, e chiesa pure piccola, con coro ad uso di sette Padri>>.

La prima chiesa sorgeva nei pressi della Grotta dell’Annunziata, attaccata al lato occidentale del convento, in posizione opposta a quella attuale. Distrutta, insieme al convento, nel 1435 dall’esercito di Maometto II, fu riedificata l’anno successivo ad opera di S. Bernardino da Siena. Nell’orto del convento si può vistare la grotta di S. Bernardino, dove fino a pochi anni or sono sgorgava ancora l’acqua fatta stillare dal Santo dalla roccia. Nel 1440 una violenta mareggiata distrugge nuovamente la chiesa la quale viene ricostruita ancora nello stesso posto, <<vicino alla loggia grande>> come ci informa il cronista P. G. Battista de Palo. Durante il grande saccheggio dei Turchi nel 1558, quando tutta la penisola sorrentino – amalfitana fu messa a ferro e fuoco, il convento fu nuovamente distrutto mentre si interruppero i lavori di costruzione della nuova e più grande chiesa, nell’attuale posizione, lavori iniziati nel 1517. Nell’arco di tutto il 1500 fu sia ampliato il convento che costruita la chiesa nella posizione attuale; i lavori terminarono nel 1590. Nei sec. XVI e XVII il convento fu scelto come sede di Studio e Seminario per i giovani chierici soprattutto a causa della sua invidiabile e deliziosa posizione.